Fondée le 9 août 1845 au cours du congrès annuel de l’Association bretonne, la Société archéologique regroupe alors cinquante et un membres, autour de son président l’architecte Théodore Nau et de son vice-président l’abbé Fournier, futur évêque de Nantes.
Son but est l’étude et la conservation des antiquités : dès 1849, elle ouvre au public son musée d’archéologie, qu’elle donnera au département en 1860.
Situé d’abord rue du Moulin, puis dans la chapelle de l’Oratoire, il est transféré au manoir de la Touche en 1899 et réuni au musée Dobrée.
En 1859, la Société archéologique publie le premier numéro de son Bulletin annuel qui, depuis cette époque, a connu une parution régulière, rassemblant les travaux les plus variés de la préhistoire à l’époque contemporaine.
Reconnue d’utilité publique par décret du 12 juillet 1929, elle surveille les fouilles effectuées à Nantes et assure la publication de leurs compte-rendus jusqu’à la création en 1969 de la Direction des antiquités préhistoriques et historiques.
Parmi les personnalités aujourd’hui disparues qui ont présidé aux destinées de la Société, citons le baron Gaëtan de Wismes, Stéphane de La Nicollière-Teijeiro (archiviste municipal), le marquis de Brémond d’Ars, Léon Maitre (archiviste départemental), le chanoine Durville, le commandant Mollat, le colonel Balagny, le docteur Halgan, maître Robert Orceau, le chanoine Russon, Henri de Berranger (archiviste départemental).liste des présidents
La Société archéologique compte plus de 180 membres titulaires, auxquels elle propose des activités variées : conférences, visites commentées de sites et d’expositions.
Toujours fidèle à sa tradition, l’étude de l’histoire du passé et la conservation des monuments anciens, elle remet à de jeunes chercheurs deux prix annuels : le prix Andrée Viaud et le prix Léon Maître.
Elle a également pendant plusieurs années procédé à la pose de plaques commémoratives destinées à signaler des édifices particulièrement intéressants ou à honorer la mémoire de personnages célèbres.
Le siège social de la Société est au manoir de la Touche, place Jean V, dans l’enceinte des musées départementaux. Ses archives, ses collections de gravures et de dessins y sont conservées, ainsi que sa riche bibliothèque ouverte aux sociétaires (siège provisoirement transféré rue du château de l'Eraudière à Nantes).
Membre de la fédération des société historiques de Bretagne au congrès annuel de laquelle elle participe activement, la Société correspond en outre avec une cinquantaine d’associations similaires françaises et étrangères.
Elle organise tous les deux ans la Rencontre des sociétés d’histoire de Loire-Atlantique.